Background

All 'from params import ' and  'import params' are replaced by accessing attributes of a DotDictify object.

However, old params*.py and cybershake install strusture are preserved to avoid things breaking

Tasks:

1. Identify how the old install structure is setup                                             2h
2. modifiy install.py to set up a new install structure                                      8
3. modify set_runparmas to setup the new install structure                           8
4. submit_emod3d.py                                                                                     4
5. submit_post_emod3d.py                                                                            4
6. install_bb.py                                                                                               5
7. submit_hf.py                                                                                               4    
8. submit_bb.py                                                                                              4  
9. statlist2gp.py                                                                                               3
10. remove params.py in script 1-9                                                                1d                          
11. remove params_base.py  in script 1-9                                                      1d                       
12. remove params_bb_uncertain.py  in script 1-9                                          1d                 
13. remove params_uncertain.py   in script 1-9                                                1d                  

Deliverable:

Tasks 1-9 done. Now we have a new cybershake install structure when running the install.py :

realization/[HF|BB|LF]

And sim_params.yaml is located under realization, at the same level as HF/BB/LF folders.

TODO:

Tasks 1-13 is basically refactoring the whole slurm_gm_workflow/script repository. Lots of breaks when removing prams*.py due to so many dependencies, symbolic links etc. 

Params.py needs to be carefully removed.

Also, the testing for the new cybershake install structure is tested under manual workflow (eg, run ' python slurm_gm_workflow/script/install.py'). Needs more testing when wrapped by the automatic workflow (eg. run 'install_cybershake.sh')